中央與地方治水究竟出了什麼問題？從監委高鳳仙所提糾正案，
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，發現中央未以流域觀念統合水患治理事權，
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，也未能統籌全國下水道建設。地方治水如台南縣、雲林縣等，
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，長期忽略疏濬及排水清淤成效不彰，
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，專業人力不夠，
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，致工程規劃品質不佳、執行進度一再延宕。
國民黨主席馬英九表示，
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，有關治水預算，
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，中央與地方都要檢討，
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，錢有沒有花在刀口上，
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，「重點是不要浪費」；他支持行政院長江宜樺，表示政院已成立專案小組，三個月後會有報告出來。
行政院秘書長陳威仁在國民黨中山會報上表示，治水預算若只是用來綁樁，等到風雨來了又作秀，問題會持續下去。
監委高鳳仙因卡玫基風災（七一八水患），調查易淹水地區水患治理計畫，於民國九十八年糾正行政院、農委會及台南、雲林、屏東縣政府等十四個機關。
高鳳仙糾正案點出中央治水問題是政院長期未以流域觀念統合水患治理事權，頭痛醫頭，影響治水成效。水利署長期投入的公帑治理地層下陷地區水患，始終未見改善成效，難辭其咎。
高鳳仙約詢時，水利署官員辯稱，推八年八百億後，工作量驟增，人力捉襟見肘。除要執行中央管河川，排水及海堤一百一十億預算，還要增辦雨水下水道、區域防洪排水，工作倍增。她說，水利署治水策略長期都因循過往作法。
高鳳仙說，不只水利署人力不足，地方也配合不上，很多地方政府竟沒幾個治水人力，如台南就短缺十五人，彰化廿七人，都是臨時約聘雇員，或把預算挪辦其他公務，難怪規劃出來的工程品質不佳。
此外，中央營建署負責雨水下水道的改善，農委會則負責上游的野溪整治、卻都未能督促善盡執行之責，進度嚴重落後。，