馬祖居民提出重建自衛隊的訴求，
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，其實早在民國23年，
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，為了抵禦海盜，
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，馬祖居民就編保甲，
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，聯防自衛，
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，成立「竿西聯保」，
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，後來因為轄區過廣，再改為「竿塘」、「西洋」兩保，下設保長、保丁。 民國38年國民政府退守台灣，74軍在馬祖登陸，馬祖地區成為前線，採行「軍事與民生兼顧，戰備與建設並重」政策，組織民防部隊，配合國軍防衛佈署，做為反攻大陸跳板。
45年馬祖開始實施戰地政務，正式成立「連江縣民防總隊」，下設鄉大隊、村中隊，縣長兼任民防總隊長、政委會軍事科長兼副總隊長，各鄉鄉長兼大隊長，各村村長兼中隊長，並由軍方指派現職軍官兼任大隊、中隊指導員。
之後名稱和指揮系統多次變更，直62年，為配合台灣省各縣市民防機構裁併，「民防總隊」再改稱「連江縣民眾自衛總隊」，名稱從此再無變更。81年11月7日，金馬地區終止戰地政務，裁撤自衛總隊，伴隨馬祖民眾30餘年的「民防自衛隊」走入歷史。
戰地政務期間，男子18歲至45歲，皆納入自衛隊編組，其中35歲以下組成機動區隊，負責機動打擊工作，36歲以上者編入守備區隊，兼負情報傳遞工作；平時則負責村落中衛生、燈火管制、防空動修繕及運補工作。也由於男子到45歲前都要納編，因此當時有部分在台灣念書的馬祖子弟，寧可簽戶籍到台灣，改服2年兵役就好。
除了青壯男子要納編，馬祖女子年滿17至35歲，也會被納入婦女區隊，但只要是結婚生子後，就可解除納編。此外，一度連十幾歲的兒少都要編組成幼獅隊，協助偵探工作。
至於自衛隊的訓練，基本上隊員每年都要參與年訓，內容包含軍事專業訓練及政治思想教育，並且配合軍方演習，實施自衛戰鬥演練，也因為前線自衛隊長期都保持訓練，因此金馬自衛隊不但在國慶閱兵時，都能展現與正規部隊相同的氣勢，每年國軍體能戰技競賽，也從沒有輸給過台灣本島的後備軍人聯隊。，