造價十四點六億、啟用才兩年的「海研五號」因船難報銷，
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，有人將肇因指向將船長及機組人員「外包」的決策。科技部長張善政表示，
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，委外就是希望找專業團隊經營，
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，船長曾有超過十年船長經驗，
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，資歷沒有問題。
前晚事故發生後，
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，一名自稱是海研三號前輪機長之子的網友「cyberfreesia」在批踢踢爆料，
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，指稱海研五號「問題很多」，船長、機組人員都是外包，三個月輪一次；這次出船正好就是換班後第一次開船。海研一、二、三號則分別隸屬台灣大學、海洋大學、中山大學，機組人員皆為自聘。
前國科會副主委、海洋大學校長張清風指出，海研五號的船長、輪機長、機組人員都採外包，委外的輪值成員對船的熟悉度不如正式船員，從研究及安全的角度，外包是不好的制度，「就像開別人的車子，會比較不熟悉」，遇到狀況，也較難應付。
一名造船技師事務所負責人表示，政府委外案將招標價壓低，船員因薪資過低流動率高，「每次上船都遇到不同船員」，加上海研五號採柴電系統，比普通柴油引擎操作困難，但船員不斷交接、熟悉度有限，業界都在傳「海研五號遲早會出事」。
國研院副院長綦振瀛澄清，科技部參考日本做法，評選專業的船務團隊，採限制性招標；五家投標後，以最有利標評選出裕品公司。
裕品公司每次有十八人上船，包含船長、輪機長及機組人員，每次上船人員依據任務編組及休假代班輪替，但輪班人員都是「老面孔」，例行維修則一併由裕品負責。，