立法院司委會召委呂學樟昨天赴中研院考察，
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，中研院院長翁啟惠表示，
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，中研院在組織架構直屬總統府，
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，應可提供總統建議。他說，
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，過去中研院政策研究都不碰政治議題，
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，現在若各界期待，
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，他將邀社會科學相關所研究憲政體制改善建議。
「不論現任的馬總統或上一任的陳總統，
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，都非常尊重學術自由，
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，是我國的福氣。」翁啟惠說，
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，中研院歷年對高等教育等國家政策都有諸多建議，即將提出的稅改建議，張忠謀看了都說寫得滿好。「中研院對國家有使命感，能力所及，應盡量幫忙。」
翁啟惠說，身為院長，他很難為，一方面考量中研院隸屬總統府，雖是學術單位，但受公務員服務法規範，要對總統有起碼的尊重，也得對外界負起社會責任；另一方面要從學術角度尊重研究員不同意見，做到言論自由。他說，研究員也應理解自己和一般教授不同，是受公務員服務法規範，發言須更謹慎。
翁啟惠說，黃國昌其實是為國家好，只是言論比較激切。他指出，黃國昌參加學運活動都有跟中研院請假，研究也做得非常好，必須是加倍用功，才有辦法這樣。
黃國昌昨天在臉書嗆呂學樟「中研院是總統幕僚」一席話，指出即使是蔣公，當年都不至於對胡適院長說出這種話，「我完全無法理解一個人無知的底限在哪裡？」呂學樟指中研院社會科學研究領域看不出績效，更是對許多同仁的莫大侮辱。
黃國昌指出，當初他自願從副教授降轉為副研究員進入中研院，是為了追求更高的學術表現，從沒將自己界定為「總統幕僚」；他相信絕大多數同仁也不是這樣看待自己的研究工作。「個人的研究表現，學術界自有評價，即使被逼離開中研院，台灣社會也一定還有我可以容身、可以繼續努力的地方。」，